Pada awalnya sebelum menjadi Desa, Sebakung Makmur adalah bagian dari wilayah Desa Sebakung Kampung, Kecamatan Long Kali Kabupaten Pasir. Seiring dengan bergulirnya waktu, tepatnya pada tahun 1999 Pemerintah Pusat melaksanakan program transmigrasi yang saat itu didatangkan dari penduduk lokal di wilayah Kalimantan Timur, yang ketika itu menjadi sebuah UPT (Unit Pemukiman Transmigrasi Sebakung V) Kecamatan Long Kali Kabupaten Pasir. Sebakung V sebelum menjadi Desa Definitif sempat menjadi bagian dari wilayah Kecamatan Babulu pada tahun 1999. Tapi pada akhir melalui berbagai pertimbangan dari Pemerintah Kabupaten Pasir kembali dan masuk wilayah Kecamatan Long Kali. Satu tahun menjadi binaan transmigrasi, tepatnya tahun 2000 UPT Sebakung V akhirnya diserahkan pada pemerintah daerah Kabupaten Pasir saat itu.
Pada tahun 2000 Sebakung V resmi menjadi desa persiapan, yang dipimpin oleh pejabat sementara yaitu bapak Sutrisno, S.Pd. Secara perlahan Desa Sebakung Makmur dengan status desa persiapan mulai mencoba untuk memulai dengan segala daya dan upaya untuk membuktikan bahwa ke depan bisa menjadi desa yang berkembang dan maju dengan segala potensi yang ada. Dengan kepemimpinan pejabat Kepala Desa yang pada waktu itu dibantu oleh para staf desa, yang bekerja keras untuk mengejar program-programnya. Hingga akhirnya desa persiapan (Sebakung V) resmi menjadi desa definitif yaitu Sebakung Makmur ditahun 2010 dan dilakukan Pemilihan Kepala Desa untuk pertama kalinya yang dimenangkan oleh Bapak Sutrisno,S.Pd untuk masa jabatan Kepala Desa periode tahun 2010 s/d 2016. Pada tahun 2016, Bapak Sutrisno,S.Pd terpilih kembali sebagai kepala desa untuk periode 2017 s/d 2023. Kemudian, Kepala Desa periode 2023-2029 Bapak Sutrisno,S.Pd terpilih kembali menjadi Kepala Desa.
Demikian sekilas sejarah terbentuknya Desa Sebakung Makmur dan apabila terjadi kekurangan dalam penulisan ini kami mohon maaf yang sebesar-sebesarnya.